El Colegio de Zaragoza surgió con mucha fuerza de una de las fundadoras del Instituto de Nuestra Señora de la Merced : Sor Petra Nolasco Vélez, fundado en Barcelona el año 1860 .
Realizados los necesarios y largos trámites burocráticos se fundó el Colegio Ntra Señora de la Merced el año 1867 en la Calle D. Juan de Aragón nº16, donde estuvo ubicado hasta el año 1872. Este mismo año se trasladó a la calle Bayeu nº21 (antiguo palacio Arzobispal de San Valero).
El Ayuntamiento expropió la finca y tuvo que trasladarse el año 1941 a la calle Moncayo nº 18-20 donde permaneció hasta el año 1959 que se trasladó al Pº Ruiseñores nº1, donde se encuentra emplazado actualmente.
Fueron ayudadas en todo momento por los padres mercedarios.
A su llegada las religiosas fueron recibidas por la marquesa de Ayerbe que las hizo objeto de un cálido recibimiento.
Una de las primeras visitas que hicieron las religiosas fue a la Basílica del Pilar dónde dieron gracias y pidieron favores.
El día 30 de marzo de 1867 se inauguró el Colegio que fue por el momento, de enseñanza gratuíta.
El objeto principal de su Proyecto Educativo era la educación de las niñas en la piedad y en las letras.
La comunidad educativa de hoy desea llevar adelante esta misión y trabajar por la educación liberadora y la redención de la ignorancia, haciendo historia con las primeras mercedarias de 1867.